בשנת רנ"ח-רנ"ט (1498/9, א' תת"ט-תת"י לשטרות), ובו מדרשים, הלכות הרי"ף למסכת חולין לר' יצחק בן ר' יעקב אלפסי; ספר הגורלות בעברית המיוחס לרב סעדיה גאון; שרח תשעה באב בפרסית לרב האי בן רב שרירא גאון, ומזלות של אישה. המדרשים כוללים: פרקי דרבי אליעזר (פרק כו); מדרש לקח טוב (הקדמה); משניות מפרקי אבות. חלק זה פותח במילים: "ספר מדרשות בעזרת האל ושוכן ערבות שהוא נתן לנו הגדות ומדרשות", ובהמשך, המדרש פותח ברשות: "מ[רשות]… ראשי ישיבת גאון יעקב (דף 3א) […] רשות למדרש מן קוולי[?] רבינו יצחק נשיא הגולה בן עזריה ונשיא גלויות ישראל (דף 8א)".
עוד בקובץ – מגילת אנטיוכוס לר' אברהם בן מאיר אבן עזרא. כתב היד פותח במילים: "ויהי בימי אנטיוכוס מלך יוון, מלך גדול וחזק היה למלכותו", ולפני החיבור בא 'מדרש חנוכה' וכתב חידה המיוחס לרבי אברהם אבן עזרא, 'ארבעה עמדו על הים'.
בכתב היד כמה קולופונים. בדף 43 א נכתב: "אני אלחנן הכהן ב"ר אליעזר הכהן כתבתי בשבילי את המדרש הזה להגות בו בשלום ובשלוה אנ"ס [אמן נצח סלה] ברוך הקורא וארור הגונב". ובדף 46 א נכתב: "כתבתי וסיימתי אנא הדל… אלנתן הכהן ב"ר אליעזר הכהן ז"ל… [ב]"ר ר' עזיאל הכהן ב"ר אלעזר הכהן… ב[ן] חייה… ב[ן] עזיאל… בחדש אדר דשנת אלפא ותמניא מאה ועשר שנין [1810] לשטרות [רנ"ח-רנ"ט,1498‑1499] במדינת בוכארא דעל נהר כוהך".
בדף 216 ב נכתב: "נגמר על ידי הצעיר… אלנתן… בר"א… אליעזר הכהן ז"ל… בחדש תשר[י] דשנת אלפא ותמניא מאה ועשר שנין [1810] לשטרות במדינת בוכארא דעל נהר כוהך", ובדף 255 ב נכתב: "נגמר על יד הצעיר והדל והאביון… אלנתן הכהן הר"א מו' אליעזר ה' ז"ל… בחדש אב הפוך לששון דשנת אלפא תמניא מאה ותשע שנין [1809] לשטרות".
הנה עוד כמה כתבי יד מאוסף מוסאיוף שהועתקו בבוכארה בתקופה זו.
א. ספר טהרה לרמב"ם (י"ד בסיוון רמ"ו, 1486). בסופו נכתב: "כתבתי וסיימתי בחמישה בשבא דהוא ארבעה עשר דירח סיון בשנת אלפא ושבע מאה ותשעין ושבעה שנין לשטרות אלכסנדרוס מקדון אנא הדל מך דך נבזה ושפל רוח, כצל עובר יעקב בר מ'[ר] ר'[אש] צורבא דרבנן ר' אליה תנצב"ה בר מ[ר] ר' עובדיה בר מ[ר] אברהם רי"ת [?] בר מ[ר] ר' יהודה תמ"ך [תהא מנוחתו כבוד] בר מ[ר] ר' מנשה זלה"ה [זיכרו לחיי העולם הבא] במדינת בוכארא".
ב. חלק מן התורה עם הפטרות בנוסח יהודי בוכרה (כ"ג בסיוון רמ"ח, 1488).
בקולופון נכתב: נשלם זה ספר חומשי תורה על יד העני הנבזה והלעות והנדהם עפר רגלי תלמידי חכמה משרת ר'[בינו] אדו'[ננו] מ'[ורנו] ר'[בי] עובדיה תנצב"ה, אברהם בן מ'[ורנו] בנימן בר יצחק בר מבורך בר יעקב במדינת בוכארא דעל נהר כוהך, דהוא עשרין ותלתא דירח סיון בסימן גכה בשנת אלפא ושבע מאות ותשעין ותשעה שנין למנין אסכנדר [רמ"ח/1488], ושלום על בני ברית".
ג. ספר משפטים לרמב"ם (שנת ש"ן, 1590). כתב היד מתחיל מפרק רביעי. בסופו נכתב: "הגהתי זה הספר משפטים בעזרת עושה מופתים אני המסכן הנעלב הנבזה עפר לרגלי חכמים ותלמידיהם צופי בן שלמה הלוי, שכתבו תלמידו של ר' [מחוק] ששמו היתה רבי אליה ועיינתי במדינת בוכרא… בשנת אלפא ותשע מאות וחד [=ש"ן/1590]".
כמו כן ידוע לנו שמו של עוזיאל משה בן דוד, משורר שחיבר שירים בעברית ובפרסית בשנת ר"ן (1490).
עותק של 'ספר המליצה' הנזכר לעיל לשלמה בן שמואל הועתק בבוכרה בח' בכסליו רנ"א (1490). בקולופון נכתב: "נשלם ברחמי [ש]מיא ב[יום] ח [?] כסלי[ו] דשנת א'ת'ת'ב' לשטרות ביום [שלי]שי בשבת ויסלח וימחול לעונותי ולאשמי….
בש[ם] עוזיאל משה בן דוד בר דוד בר דוד בשביל יעקב בן יהודה בן יוסף היקר הצדיק".
באוסף כתבי היד שאסף נתן אדלר בבוכרה בשנת תרנ"ז (1897) ישנו כתב יד מס' B9, שהועתקו בו מדרשים והלכות ממסכתות תענית, מגילה, חגיגה, סדר נזיקין ואבות דרבי נתן. בקולופון מצוין שכתב היד הועתק בכ"ה באדר רמ"ה (1485) בידי "אליה בן עובדיה בן אליה בן עובדיה בן אברהם בן יהודה בן מנשה". בכתב היד מובאות שאלות שהופנו לכמה וכמה חכמים שעמדו בראש ישיבות חשובות: שאלה ראשונה לכבוד "אדוננו מנהיג דורנו חכם זמננו מרב יעקב ראש בי רבנן בר ר' עלי ז"ל". שאלה אחרת "לר' שלמה ראש הישיבה".
בהמשך מובאות הלכות קצרות בהלכות קידושין, הלכות נחלות, הלכות שומרים והלכות עדויות, וכן מובאות הלכות מן התלמוד בבבא בתרא, בבבא מציעא, בשבועות, בסנהדרין ובקידושין, וכן אגדות ממסכת יומא, יום טוב וסוכה ומאבות דרבי נתן וספר 'הערוך'.
במהלך השנים רמ"ה–רנ"ט (1485‑1499), הועתקו בבוכרה שישה קבצים של כתבי יד. הקבצים יוצאי דופן מצד התוכן שלהם, והם כוללים העתקות מחמישה חומשי תורה, מההפטרות, מספרי הלכה, מספרי הרמב"ם, ממדרשים, וכן העתקות של מילונים וידיעות על שירים שחוברו בעברית ובפרסית-יהודית במרכז אסיה בשלהי המאה החמש עשרה. יש בהם כדי ללמד שהשפה העברית שימשה שם את היהודים כשפת לימוד ודיבור. ייתכן שמדובר בקבוצת יהודים מהגרים שהגיעו לאזור במהלך המאה ונזקקו למילון ולספרי הלכה פסוקה כדוגמת הי"ד החזקה לרמב"ם, מכל מקום היהודים המקומיים שיגרו שאלות בהלכה לכל מיני חכמים ולראשי ישיבות והכירו את הספרות היהודית לדורותיה.
העתקת כתבי יד עבריים באסיה התיכונה במאה השש עשרה
גם במאה השש עשרה הועתקו בבוכרה כתבי יד: ספר השורשים של רבי דוד קמחי (הרד"ק) יצא לאור באיטליה לפני שנת ר"מ (1480) והועתק בבוכרה בשנת שי"ז (1557).
כתב יד אדלר 23 ENA, המבוסס על סידורו של רב סעדיה גאון ושעל פיו חקר שלמה טל את 'נוסח התפילה של יהודי פרס', נכתב בבוכרה לקראת סוף המאה השש עשרה. באותה עת הועתקו בבוכרה עוד כמה כתבי יד של סידור זה. כתב היד הועתק לאחר הדפסת השולחן ערוך 'אורח חיים' לרבי יוסף קארו, שנדפס בפעם הראשונה בוונציה בי"א בכסלו שכ"ה (1564), והלכות שנדפסו בשולחן ערוך שולבו בו. רוב ההוראות והמנהגים שבכתב היד כתובים בפרסית-יהודית ומיעוטם בעברית, רבים מהם משולבים בסידור עצמו. ישנם גם עמודים שלמים שאין בהם תפילות אלא דינים, הוראות ומנהגים. אין כל ספק שהמעתיק עצמו הוא שהעתיק את הדינים משולחן ערוך ולא אדם אחר, ואף הותיר בעת הכתיבה מקום פנוי להוספת הלכות משולחן ערוך. נראה שהיה לנגד עיניו כתב יד קדום יותר וממנו הוא העתיק. שלמה טל מציין: "רוב הדינים בעברית מועתקים משולחן ערוך של מרן בעל בית יוסף. הדינים הם חנוכה ופורים, דיני בדיקת חמץ, דיני אפיית מצה, דיני קידושין ונישואין ושבע ברכות, נוסח הכתובה ודיניה וכו…בזמן שהסופר המעתיק העתיק את הסידור מן המקור הקדום שהיה לפניו, כבר היה השלחן ערוך נפוץ בפרס-בוכרה, וגם המנהגים הכתובים בסידורי ספרד והמונחים הספרדיים כבר היו רווחיים".
משמע שאם בשלהי המאה החמש עשרה, יהודים במרכז אסיה שנזקקו לספרי פסיקה העתיקו מתוך היד החזקה לרמב"ם ושמרו באותה עת על קשר עם חכמים שעמדו בראש ישיבות, או אז, מאה שנה אחר כך, החלו פסקי שולחן ערוך משולבים בסידור הנפוץ בפרס ובמרכז אסיה. נראה שיהודים אלו, אף שהיו רחוקים מאוד מכל מרכז יהודי, הקפידו לשמור על קשר עם המרכזים היהודיים של תקופתם, קיבלו את פסיקתם של החכמים שהיו עמם בקשר בענייני הלכה וראו עצמם שייכים, בהלכה ובמנהג, לבני ארץ ישראל, וכפופים לפסיקת רבי יוסף קארו שהתקבלה בקהילות ישראל עוד בחייו. יתרה מזו, המעבר מהפסיקה של הרמב"ם לפסיקה של רבי יוסף קארו התחולל באסיה התיכונה זמן קצר יחסית לאחר הופעת ספריו של רבי יוסף קארו. בכך נהגו כדרך היהודים שהתגוררו באזור בימי הביניים, שהקפידו לשמור על קשר עם המרכז היהודי בבבל שממנו נפוצה תורה והלכה לכלל ישראל.
