בכמה מהספרים שבאוסף הספרים המודפסים של ר' שלמה מוסאיוף ישנן רשימות שנכתבו בכתב ידו של יהודי מבוכרה. לפי נוסח הכתיבה וכתב היד נראה שכולן נכתבו בבוכרה במאה השמונה עשרה. ואלו הן:
א. בשולחן ערוך, ונציה שכ"ז (1567), בגב השער של חלק יורה דעה כתוב: "נולד הבן השעשוע יצחק בר זכריא בעשרים ותשעה לחודש אב בשנת התצ"ז [1737] ליצירה". ובצד העמוד בתחתיתו כתוב באלכסון: "זה ספר שלחן ערוך/ שלי אני הצעיר/[מחוק]. שמואל בן שם טוב. יוסף בן יאדגר" ובהמשך: "זה הספר שלי אני שמואל בר שם טוב".
ב. בספר 'תורה אור' לר' שמואל הכהן צדק, 'ויניציאה השנ"י' (ש"ס, 1600). בגב השער נכתב בכתב רש"י: "דר סאל פנג' הזארו ג'אר צדו השתאדו השת/בוד כי אין תורה אורה עבדולה בובו עויז אזבולך פיזולה פיסר מו' ג'אן כרידן". ["בשנת חמשת אלפים ארבע מאות שמונים ושמונה (=התפ"ח, 1728) היה שאת תורה אורה זאת קנה עבדולה בובו עויז מזבולך פיזולה בן מו'[לא] ג'אן"].
ג. בספר בית אלוקים להמבי"ט, ונציה של"ו (1576).
בשער הספר נכתב בכתב רש"י יפה: "המחבר המבי"ט [הרב משה בן יוסף טראני]/יאדגאר ביבי צפד/יאדגאר". ובתחתית העמוד, באותו כתב, נכתב: "אז יצירה פנג' הזרו פנצדו בסתו השת בוד כובוא פיזק בעולם הבא / ארזוני שוד ביום חמישי בשבת בי"ט לחדש אדר ראשון". ["בשנת היצירה חמשת אלפים חמש מאות עשרים ושמונה (=התקכ"ח, 1768) היה שכובו פיזק נתבקש לעולם הבא ביום חמישי בשבת בי"ט לחדש אדר ראשון"].
ד. בספר ריקאנטי על התורה. (חסר השער, ובסוף הספר נכתב שנדפס בשנת רפ"ג, 1523). בדף הראשון, נכתב מתחת לתיבת 'בראשית' בכתב רש"י: "זה חלקי מכל עמלי אשר קניתי מ"מ אור / בן כ' ה' ר' [כבוד הרב רבי] שמואל הצעיר משה בן א' משיח". כל עמוד נחלק לשניים, ובין העמודות כתוב "הדיה כרד מ[ולא] אור אין כתאב רא אז משה פוסר א' משיח במבלב ואז ת'ק' זר ספיד בי… דרי ודעאיי". ולמטה, בשולי הגיליון: "זה ספר הנחמד נתתי לכבוד אור שמואל [מחוק] בן… משה מגואל/ במתנה גמורה י"ר [יהי רצון] השם יזכהו בנים הגונים לעסוק / בו ויקויים בו מקרא שכתוב לא ימושו ספר / מפיך ומפי זרעך ומפי זזא"י מו"ע [זרע זרעך אמר ה' מעתה ועד עולם] הקורא ישמח / והקורא [מחוק] והגונב יהיה בכלל ארור שמתא שם מיתה / והשומע לנו ישכון בטח שאנן ושליו / פה בוכארא יע"א [יכוננה עליון אמן] כ"ה לחודש / שבט תקנ"ג [1793] ליצירה".
בין שורה ב' לשורה ג': "מקנת כספי שלמה ן'[בן] אלזורת[?]", מתחת שם זה בדיו דהוי מאוד: "ר שמעון".
ובפרשת 'ויהי בשלח' כתוב: "צריך אדם שיכתוב / את שמו על סיפרו / שמא יבוא אחר מן / השוק ויאמר לאני הוא / לפיכך אני כתבתי / את שמי על ספרי הצעיר / משה בן משיח".
גם במאה השמונה עשרה הועתק בבוכרה 'ספר המליצה' לשלמה בן שמואל. בראשית המאה התשע עשרה, בשנת תק"ע (1810), הועתק בבוכרה מילון לראשי תיבות עבריים מאל"ף עד רי"ש בלבד.
שיקוף של מצב העדה במאה השמונה עשרה
מסוף המאה השמונה עשרה ידועים לנו כמה כתבי יד חשובים שהועתקו בבוכרה ועשויים ללמד אותנו על מצבם הרוחני של בני הקהילה, על מידת ידיעתם קרוא וכתוב, על תחומי העניין המוגדרים מאוד, על מצב הצמרת החברתית ועל הכרתם את הספרות היהודית לדורותיה:
א. בשנת תקל"ב (1771) הועתק בבוכרה תיקון לליל חג השבועות ולהושענא רבה, ובראשו נכתב:
"חידושים של בעל הטורים וכמה פשטים מתוקים מדבש ונופת צופים". "סדר ותיקון מתוך חמשה חומשי תורה וחמש מגילות כמנהג כל קהילות הקודש". ובגליון שמנו ובקולופון נכתב: "כתבתי וסיימתי אני הקטן… עוז בדל בן בובא פייזי בן בובא עוז בן מו[לא] עלאי בן מו[לא] יוסף בן מו[לא] עזים במדינת בוכארה דעל נהר כוהך בשנת חמשת אלפים וחמש מאות ושלשים ושנים [תקל"ב, 1771] ביום כ"ט לירח מרחשון […] נדפס[!] לתשוקת הבחור הנחמד מו [לא] יצחק בן מו[לא] יוסף".
ב. בשנת תקל"ה (1775) הועתק בבוכרה כתב יד דומה שעניינו תקון ליל שבועות וליל הושענא רבה, ומעתיקו היה "יעקב בן מולא שלמה בן מולא עבדואלה".
ג. כתב יד של חמישה חומשי תורה וחמש מגילות ותפסירן, נכתב בכ' בכסלו תקל"ו (1766).
ד. כתב יד של ספר 'כתר מלכות' עם ערבית לליל יום הכיפורים נכתב בידי עבדולה, יעקב בן שלמה. הועתק בשנת תקל"ח (1778).
ה. אגרון למילים קשות במקרא משנת תקמ"א (1781). המעתיק: "שלמה בן בנימין במרוו שאהיג'אן".
ו. שטר כתובה, בוכרה התקנ"ב (1791).
ז. כתב יד של עזריה יוסופוב משנת תקנ"ג (1793). לדבריו הועתק מחיבורו של הרב יוסף ממאן על יהודי בוכרה.
ח. "שרח מגילת בית חשמונאי [=אנטיוכוס נאמה] ליוסף בן כ"מ [כבוד מולא] מוסא בכראיי (יוסף יאהודי)". העתקת הספר הסתיימה ביום ה', כ"ג במרחשון התקנ"ה (1795). בקולופון כתוב: "יאדגאר בן המרוחם כ"א[כבוד אבי?] יוסף נוחו עדן בן המרוחם אגא מולא [בן] מולא גדא [יתכן בדא] נ"ע. הכותב ע"י [על ידי] הצעיר… מנשה ב"ר המרוחם שלמה מו [לא] אלעזר".
ט. אותו כתב יד, שרח בית חשמונאי או אנטיוכוס נאמה, הועתק באותה שנה. בקולופון (דף 69 א) נכתב: "תמאם שד אין כתאב בני חשמונאי אז ג'פתה מלא יוסף בכ'אראי…. שנת התקנ"ה [1795] אז ג'הת שמואל בר יצחק… הכותב בר המ'[רוחם] שלמה מלא אלעזר לקב גאני כשמירי כ'אנגד".
היצירות הנזכרות וכתבי היד שככל הנראה הועתקו בבוכרה, וכן חוג המשוררים שפעל ויצר בה במאות השבע עשרה והשמונה עשרה, מלמדים על הימצאותם של תלמידי חכמים ומשוררים שלמדו במקום ויצרו בו. הם היו בקיאים בספרות היהודית לדורותיה ובספרות הפסיקה, הקבלה, המוסר והפילוסופיה היהודית.
אף שידועים לנו רק מעט כתבי יד יחסית, וייתכן שאין בכוחם ללמדנו אם אכן היו עוד כתבי יד ובאילו תחומים הם עסקו, מכל מקום אפשר ללמוד מהם שבני הקהילה שמרו על קשר רצוף עם קהילות מרכזיות מחוץ לבוכרה או עם אישים חשובים מחוץ לה. בבוכרה ואגפיה חוברו יצירות שירה חשובות המבוססות על ספרות המדרש וההגות היהודית, והיה צורך להעתיק יצירות ספרותיות אלו לשימוש בני הקהילה.
ממקורות מספר עולה שאף על פי שבוכרה הייתה רחוקה מכל מרכז יהודי, הייתה בה קהילה יהודית תוססת. בניה התפרנסו ממלאכת צביעת חוטים ואריגים ושמרו על קשרים עם קהילות אחרות. הגיעו אליה שד"רים ומבקרים מארץ ישראל וממקומות אחרים. בכל התקופות, ובמיוחד במחצית השנייה של המאה השמונה עשרה, התיישבו בבוכרה יהודים שהגיעו מכל מיני מדינות.
יפים יעקובוב מציין את עדותו של פלוריאו בינבני, שגריר רוסיה בבוכרה, שכתב בדין וחשבון לצאר הרוסי בשנת 1724 שהיהודים עוסקים במלאכת הצביעה והם יודעים את סוד הפקת הצבע הנקרא קירמיז.
בהמשך, יעקובוב מצטט את דבריו של האתנוגרף וחוקר הטבע הרוסי-גרמני איגואן גאורגי, שהשלים את דברי בינבני וכתב בשנת 1776 את התרשמותו מהמצב בבוכרה: "חרף ריבוי השבטים והאמונות, נהוג בבוכרה חופש ויש בה פרנסה. לכן חיים פה הרבה מאוד יהודים, ערבים, פרסים, והודים ונתיני ארצות מזרח שונות. […] במלאכת הצביעה מתעסקים בעיקר יהודים. כמה מהם מחזיקים גם בתי תפירה קטנים".