"מלבילוי אני מולדי בארץ גְ'זִירָה ונתגלגלתי מארץ מולדתי לעיר בוכארא וה' יודע מאיזה גלגול באתי לכאן וכתבתי חסרון זה הספר"
"יהודי פרס הביעו את ייחודם ואת הווייתם הדתית והחברתית בשפת השירה; נראה שהשירה הייתה להם בבחינת נכס ששמר על קיומם הפיזי והרוחני ממועקת גורל ומפגעי הסביבה העוינת".
במאה השש עשרה הייתה לחכמי צפת השפעה גדולה באזור שממזרח לארץ ישראל, עד פרס ועד בכלל; הם אף היו אלו שמינו חכמים מקומיים שינהיגו את הציבור באזור זה. מפרס נשלחו שאלות בענייני הלכה לחכמי צפת, והן נדפסו בספרי השו"ת של הרדב"ז, המבי"ט, ר' משה אלשיך ועוד. ייתכן בהחלט שבדרך זו הגיעו לחכמי פרס ספרים מודפסים, ובכללם השולחן ערוך לרבי יוסף קארו, שאת פסקיו שילבו בסידורם.
בראשית המאה השש עשרה נוסד חבל בוכרה המוסלמי, והעיר בוכרה הייתה למרכז החיים היהודיים באסיה התיכונה. נקלטו בה פליטים יהודים מפרס שברחו אליה בעקבות עליית השיעה ובעקבות רדיפתם שם. בתקופה זו נבנתה השכונה היהודית בעיר בוכרה, אך בית כנסת חדש נבנה בשכונה רק בשנת תי"א (1651), דבר המלמד על גידול האוכלוסייה היהודית במקום ועל חשיבותה, שהרי השלטון המוסלמי לא אפשר בדרך כלל לבנות מבני דת לא מוסלמיים במקומות ששלט בהם. מתקופה זו ואילך מתרבות ידיעותינו על יהודי בוכרה.
כתבי שירה והעתקת כתבי יד במאות השבע עשרה והשמונה עשרה
במאות השבע עשרה והשמונה עשרה היו בוכרה וסמרקנד ערי מקלט ליהודים שנמלטו מפרס. הם היו למעשה הבסיס שעליו נוסדה קהילת יהודי בוכרה בעת החדשה.
במאות השבע עשרה והשמונה עשרה הייתה בוכרה מרכז למשוררים יהודים שפעלו בה ויצרו בה יצירות חשובות. המשורר כ'אג'ה מבוכרה חיבר בשנת שס"ו (1606) את הספר 'דניאל נאמה' המבוסס על ספר דניאל, על מדרשים ועל ספרים חיצוניים.
ר' אלישע בן שמואל, המכונה 'ראג'יב', חי בסמרקנד במאה השבע עשרה. בשנת ת"ם (1680) הוא חיבר את היצירה 'שאהזאדה וצופי' המבוססת על הגרסה העברית של הספר 'בן המלך והנזיר' לר' אברהם אבן חסדאי שחי בספרד במאה השלוש עשרה. ר' אלישע שילב ביצירתו שירים וסיפורת. יצירתו הידועה האחרת היא 'חנוכה נאמה', ומלבדה כתב עוד שירים רבים אחרים.
על מקום מושבו של ר' אלישע בן רבי שמואל יש בידינו כמה עדויות ומסורות. ר' שמעון חכם, שהדפיס את 'שהזאדה וצופי' בירושלים בשנת תרס"ז (1907), מצא "בספר כתב יד בתפסיר עקידת יצחק ומדרש כתפוח בעצי היער ודרוש עליית משה רבינו עליו השלום למרום בקובץ אחד" ובראשו כתוב: "מאחי [יתכן שצ"ל: 'מאתי'] הצעיר אלישע בן הרב ר' שמואל ז"ל בעיר צמרקנ"ד בשנת התכ"ט [1669]". בקרב יהודי הקווקז יש מסורות שר' אלישע היה רב בג'והוד-קאטטא ושיריו היו מפורסמים בפרס. מאיר בניהו תהה אם היו שני משוררים בעלי שם זהה, או שמא הכוונה למשורר אחד שהתגורר זמן מה בבוכרה, עבר לקווקז ושהה גם בפרס.
משורר חשוב אחר הוא ר' יוסף בן יצחק בן מולאיי רזי בן מולא מוסא, 'יוסף יאהודי', שנפטר בבוכרה בי"א בניסן תקט"ו (1755). לדעת באכר, יוסף יאהודי "יכול להחשב כמשורר הפורה ביותר בחוג המשוררים היהודי- פרסי" בתקופה זו. הוא חיבר את היצירה 'שבעה אחים' בשנת תמ"ח (1688), ובשנת תק"ט (1749) את 'מגילת אנטיוכוס'.
בתקופה זו היו עוד משוררים יהודים בבוכרה, ובהם מולא אוזבק, מולא שלמה, ר' דוד בן אברהם, אלעזר הכהן עוזיאל, בנימין סימן טוב ועוד. באכר, שחקר את חוג המשוררים שהתרכז בבוכרה במאה השבע עשרה ובמחצית הראשונה של המאה השמונה עשרה, מציין שמשוררים אלו עמדו במרכזה של הספרות הפרסית-יהודית בבוכרה והם מעידים על הפתיחות של יהודי בוכרה לאמנות השירה הפרסית. כמובן, חוג משוררים וסופרים רחב זה יכול היה להתקיים רק במקום שהיהודים נהנו בו מביטחון אישי ומכלכלה ראויה, תנאים המאפשרים לפתח תרבות.
ראוי להדגיש את מרכזיותה של השירה בספרות הפרסית ובספרות היהודית-פרסית הקלסית ואת השפעתה הרבה על יהודי פרס, ולפיכך מרכזיותה בקרב יהודי בוכרה והשפעתה עליהם. השירה היהודית-הפרסית עסקה בשלל תכנים מתחומי הקודש והחול, וביטאה את בקיאותם של יוצריה בתכני הספרות היהודית. המשוררים היוצרים שימשו סוכני תרבות להעברת תכנים מדרשיים, פרשניים והיסטוריים לבני הקהילות שסוג ספרותי זה היה מקובל עליהם. בקהילה היהודית בבוכרה הייתה סביבה יהודית-רוחנית-תרבותית ששימשה מצע נאות לחוג משוררים כזה, וממנה הם שאבו את ההשראה והידע שהוטמעו ביצירותיהם; סביבה זו הכירה את הספרות היהודית לגווניה, כפי שהתבטא הדבר ביצירותיהם של אותם משוררים.
נצר מציין שמניין המשוררים של יהודי פרס (ובכללם יהודי בוכרה) גדול מתשעים. לדעתו: "יהודי פרס הביעו את ייחודם ואת הווייתם הדתית והחברתית בשפת השירה; נראה שהשירה הייתה להם בבחינת נכס ששמר על קיומם הפיזי והרוחני ממועקת גורל ומפגעי הסביבה העוינת".
מאמצע המאה השבע עשרה עד אמצע המאה השמונה עשרה ידוע לנו על כמה כתבי יד שהועתקו באסיה התיכונה, ובהם:
א. מילונו של שלמה בן שמואל ו'ספר המליצה' שנזכר לעיל ושב והועתק בבוכרה במאה השבע עשרה.
ב. קטע מ'ספר המכלול' לר' דוד קמחי (הרד"ק).
ג. כתב יד הכולל הלכות שחיטה, 'מרפא לנפש' לר' אברהם בן יצחק צהלון בן המאה השש עשרה ותפילות לליל יום הכיפורים.
בקולופון נכתב: "נשלם זה…. על ידי הצעיר מצעירי ישראל… אליה בן אברהם בר אלנתן בחדש סיון בשנת א' תתקע"ד לשטרות [תכ"ג/1663] במדינת בוכארא".
ד. קטעים ממנורת המאור לר' ישראל בן ר' יוסף אלנקוה, ובסופה מסכת אבות. אחד המעתיקים הוא "יצחק בן אברהם בן יוסף בן שלמה תנ"ו ]1696] בצימן [?] במדינת בו[כארא] דעל נהר כוהך".
ה. ברשימתו של אדלר אנו מוצאים עדות לשני ספרים שהועתקו בשנת תפ"ה (1725) בבוכרה. הראשון הוא קובץ ובו העתק של 'תיקון ליל הושענא רבה'. בקולופון שלו נכתב: "סלומון בן מולאי עבדולה בן מולא קנד בן מו[לא] איליה בן מו[לא] עינאית בן מו[לא] עובדיה בן מו[לא] אליעזר". השני הוא תיקון 'ליל שבועות' והוא נחתם בכ"ז באייר תפ"ה (1725), ב"בוכארא דעל נהר כוהך". אולם בקולופון נוסף השם 'משה' בין השמות 'עינאית' ו'עובדיה'.
ו. כתב יד אחר הוא השלמה לספר 'תולעת יעקב' לר' מאיר אבן גבאי, שיצא לאור בקושטא בשנת ש"כ (1560). חסרו בו חמישה עשר הדפים האחרונים והם הושלמו בכתב יד. וכך נכתב בקולופון: "מלבילוי אני מולדי בארץ גְ'זִירָה ונתגלגלתי מארץ מולדתי לעיר בוכארא וה' יודע מאיזה גלגול באתי לכאן וכתבתי חסרון זה הספר בשנת התפ"ה (1725)". משמע, למעתיק היה בבוכרה עוד ספר שהוא השלים ממנו את החסר.