בראשית שנות האלפיים פעל רבות לחיזוק יחסי ישראל-אזרבייג'אן וסייע רבות לפעילות 'אור אבנר' בבאקו ובאזור מרכז אסיה. שר החוץ מר גדעון סער ספד לו במילים: "איתן נאה שירת את מדינת ישראל במסירות במשך 35 שנות עבודתו במשרד החוץ, הוא היה דיפלומט מחונן שהתבלט ביכולתו ליצור קשרים וחיבורים בכל מקום שבו שירת. מעל לכל, בכל שליחויותיו ובכל התפקידים הרבים שמילא, איתן נודע בלב הרחב שלו ובאכפתיות האינסופית שלו".
איתן נאה ז״ל כיהן כשגריר ישראל באזרבייג'אן בראשית שנות האלפיים, בתקופה בעלת חשיבות אסטרטגית, ופעל לחיזוק הקשרים המדיניים, הביטחוניים והכלכליים בין שתי המדינות. במהלך כהונתו שם דגש על העמקת שיתופי הפעולה בתחומי האנרגיה, החדשנות, החקלאות והביטחון, וכן על הרחבת הקשרים בין קהילות ואנשי עסקים משני הצדדים.
נאה ייחס חשיבות מיוחדת לדיאלוג בין-תרבותי וליחסים עם הקהילה היהודית באזרבייג'אן, תוך חיזוק נוכחותה ותחושת השותפות שלה עם מדינת ישראל. הוא נודע כדיפלומט מקצועי, שקול ומסור, שידע לפעול ברגישות בזירה האזורית המורכבת, ולבסס את אזרבייג'אן כשותפה מרכזית של ישראל במרכז אסיה. פועלו תרם לביסוס יחסי אמון ארוכי טווח בין המדינות.
במהלך כהונתו באזרבייג'אן, תמך איתן נאה ז״ל בקשרים חינוכיים חשובים, ובמיוחד בקידום רשת החינוך היהודית "אור אבנר" בבאקו ביוזמתו של נשיא קונגרס יהודי בוכרה העולמי מר לבייב. הוא סייע בהרחבת הפעילות החינוכית, טיפח את הקשר בין בתי הספר לקהילה המקומית ולמדינת ישראל, ועודד פרויקטים תרבותיים וחינוכיים שהעמיקו את השפה, התרבות והמורשת היהודית בקרב תלמידי הקהילה. מאמציו תרמו לכך שרשת החינוך תהפוך למוסד משמעותי ושברבות הימים עתידה להיחנך באוקטובר 2010 קרית חינוך ומרכז יהודי "אור אבנר" שהוקם בתמיכת הממשל ובסיוע קרן הנשיא שעתידה להשפיע על הדור הצעיר ולחזק את הזהות היהודית בבאקו.
